L’assetto organizzativo della Fondazione Vodafone Italia, come previsto dallo Statuto, rispecchia uno schema consolidato con la presenza di un organo di gestione, di un organo di controllo e di un organo qualificato di consulenza scientifica. I poteri di gestione di Fondazione sono attribuiti al Consiglio di Amministrazione, al cui vertice si colloca il Presidente che non ha funzioni operative, ma ha la rappresentanza legale e i compiti di coordinamento e vigilanza sul buon andamento della gestione. La gestione operativa, su delega del Consiglio di Amministrazione è affidata al Segretario Generale che si occupa del funzionamento della Fondazione e del coordinamento del personale. I membri del Consiglio di Amministrazione della Fondazione Vodafone Italia sono nominati da Vodafone Omnitel N.V. tra i dirigenti delle diverse aree funzionali della società attraverso un processo di selezione interna. Il controllo di gestione è attribuito al collegio dei Revisori che, nella funzione di controllo contabile, è affiancato da una società di revisione, cui spetta anche la certificazione del bilancio.

Nella Fondazione Vodafone Italia il Comitato Scientifico è parte attiva del processo decisionale e ha un ruolo centrale nella scelta delle aree di intervento e nella valutazione dei progetti.